Медицинский институт Пензенского государственного университета осуществляет совместную учебную и научно-исследовательскую деятельность со многими организациями. В их числе:

ГБУЗ «Пензенская областная клиническая больница имени Н.Н. Бурденко»:

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрами "Анатомия человека", "Клиническая морфология и судебная медицина с курсом онкологии", "Неврология и нейрохирургия", "Терапия", "Травматология, ортопедия и военно-экстремальная медицина", "Хирургия"
• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"

ГБУЗ «Городская клиническая больница скорой медицинской помощи им. Г.А. Захарьина»:

• учебная и научно-исследовательская деятельность, лечебно-консультативная помощь сотрудниками кафедры "Внутренние болезни" (консилиумы, консультации, клинические разборы, тематические и еженедельные кардиологические конференции)
• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"
• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрами "Акушерство и гинекология", "Терапия"

ГБУЗ «Городская больница № 3»:

• лечебно-консультативная помощь сотрудниками кафедры "Внутренние болезни" (консилиумы, консультации, клинические разборы, тематические и еженедельные кардиологические конференции)
• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрами "Терапия", "Хирургия"

МБУЗ «Пензенская городская клиническая больница № 4»:

• лечебно-консультативная помощь сотрудниками кафедры "Внутренние болезни" (консилиумы, консультации, клинические разборы, тематические и еженедельные кардиологические конференции)
• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Терапия"

Отделенческая клиническая больница на ст. Пенза ОАО РЖД:

• лечебно-консультативная работа, учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Неврология и нейрохирургия"

ГБУЗ «Пензенская областная детская клиническая больница имени Н.Ф.Филатова»:

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрами "Клиническая морфология и судебная медицина с курсом онкологии", "Педиатрия"

ГБУЗ "Пензенский городской родильный дом":

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Акушерство и гинекология"

ФГУЗ МСЧ №59 ФМБА России:

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Акушерство и гинекология"

Пензенская областная психиатрическая больница им. К.Р. Евграфова:

• лечебно-консультативная работа, учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Неврология и нейрохирургия"

Пензенский областной госпиталь для ветеранов войн:

• лечебно-консультативная работа, учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Неврология и нейрохирургия"

ГБУЗ «Областной онкологический диспансер»:

• лечебно-консультативная помощь сотрудниками кафедры "Внутренние болезни" (консилиумы, консультации, клинические разборы, тематические и еженедельные кардиологические конференции)
• учебная и научно-исследовательская деятельность с кафедрой "Клиническая морфология и судебная медицина с курсом онкологии"

ГБУЗ "Пензенский областной центр специализированных видов медицинской помощи":

• учебная деятельность совместно с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"

ГБУЗ "Областной противотуберкулезный диспансер":

• учебная деятельность совместно с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"

ГБУЗ «Пензенская областная станция переливания крови»:

• исследовательская работа совместно с кафедрой "Акушерство и гинекология"

ГБУЗ «Областное бюро судебно-медицинской экспертизы»:

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрами "Анатомия человека", "Клиническая морфология и судебная медицина с курсом онкологии"

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Пензенской области»:

• совместная с кафедрой "Гигиена, общественное здоровье и здравоохранение" деятельность по вопросам осуществления социально-гигиенического мониторинга по Пензенской области

Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Пензенской области:

• совместная с кафедрой "Гигиена, общественное здоровье и здравоохранение" деятельность по вопросам осуществления социально-гигиенического мониторинга по Пензенской области
• совместная учебная деятельность с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"

Комитет Пензенской области по физической культуре и спорту:

• Государственный контракт "Оказание услуг по научно-методическому и антидопинговому обеспечению спортсменов" (кафедра "Физиология человека")

ФГУП "ПО «СТАРТ» им. М.В. Проценко":

• договор о совместной деятельности с кафедрой "Медицинская кибернетика и информатика" № 81-675/2001 от 11.10.2001г. Разработка и изготовление макетных образцов джоульметрических приборов.

ФГУП ПО «Электроприбор»:

• НИОКР: «Разработка прибора для исследования и анализа жидких сред и тканей биологических объектов», 2010 г. Совместно с кафедрой "Медицинская кибернетика и информатика"

Научно-исследовательский институт электронно-механических приборов ("НИИЭМП"):

• НИОКР «Разработка и организация высокотехнологичного производства дентальных имплантатов с лазерной трехмерной обработкой поверхности, обеспечивающей объемную остеоинтеграцию» совместно с кафедрой "Медицинская кибернетика и информатика"

ОАО «Биосинтез»:

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология"

ООО "Петр Телегин" (г. Нижний Новгород):

• НИР «Новые технологии в суточном мониторировании артериального давления (СМАД)» совместно с кафедрой "Терапия"

ОАО «Валента Фарм» (г. Москва):

• хоздоговорная работа «Изучение радиопротекторных свойств препарата «Дикарбамин»
• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология" (защита двух кандидатских диссертаций)

Всероссийский научно-исследовательский институт жиров (г. Санкт-Петербург):

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология"

Донецкий национальный медицинский университет им. М. Горького

• научное, учебно-методическое и организационно - административное сотрудничество

Институт химии Коми научного центра Уральского отделения РАН (г. Сыктывкар):

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Физиология человека"

Институт физиологически активных веществ РАН (г. Черноголовка):

• НИР "Исследование антиоксидантных эффектов новых препаратов in vitro и in vivo"

УО "Витебский государственный медицинский университет"

• разработка и реализация совместных образовательных программ
• разработка и обмен методической литературой, учебными материалами

УО "Гомельский государственный медицинский университет":

• обмен опытом в научно-исследовательской работе, перекрестное участие в конференциях совместно с кафедрой "Микробиология, эпидемиология и инфекционные болезни"

Мордовский государственный университет им. Н.П. Огарева (г. Саранск):

• образовательная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Физиология человека"

Российский университет дружбы народов (г. Москва):

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Физиология человека"

Ульяновский государственный университет:

• образовательная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Физиология человека"

Курский государственный медицинский университет:

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Физиология человека"

ГАОУ ДПО «Пензенский институт развития образования»:

• учебная и научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Анатомия человека"

ГБОУ ПО Губернский лицей-интернат для одаренных детей:

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология"

ГБУК "Пензенский государственный краеведческий музей"

• сотрудничество в области антропологических исследований

МБОУ классическая гимназия №1 им. В.Г. Белинского:

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология"

МБОУ "Лицей №55", МБОУ СОШ №30, МБОУ СОШ №35:

• научно-исследовательская деятельность совместно с кафедрой "Общая и клиническая фармакология"

ООО НПЦ "Цера"

• сотрудничество в области антропологических исследований при проведении археологических изысканий

Пензенский общественный фонд поддержки науки, культуры и образования "Буртас"

• сотрудничество в области антропологических исследований при проведении археологических изысканий